Perempuan, Perlindungan Anak dan Pengendalian Penduduk Daerah Istimewa Yogyakarta dibentuk berdasarkan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 5 Tahun 2023 Tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Perempuan, Perlindungan Anak dan Pengendalian Penduduk.
Berdasarkan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 5 Tahun 2023 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak, dan Pengendalian Penduduk (DP3AP2 DIY), DP3AP2 DIY mempunyai tugas membantu Gubernur melaksanakan urusan pemerintahan bidang pemberdayaan perempuan dan perlindungan anak serta urusan pemerintahan bidang pengendalian penduduk dan Keluarga Berencana.
Untuk melaksanakan tugas sebagaimana di atas Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak dan Pengendalian Penduduk Daerah Istimewa Yogyakarta (DP3AP2 DIY) mempunyai fungsi sebagai berikut :
Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak dan Pengendalian Penduduk Daerah Istimewa Yogyakarta (DP3AP2 DIY) mempunyai struktur organisasi sebagai berikut :
a. Kepala Dinas;
b. Sekretariat, terdiri atas:
1. Subbagian Umum;
2. Subbagian Keuangan; dan
3. Kelompok Substansi Program;
c. Bidang Kesetaraan Gender dan Pemberdayaan Perempuan, terdiri atas:
1. Kelompok Substansi Peningkatan Kualitas Hidup Perempuan dan Pengarusutamaan Gender; dan
2. Kelompok Substansi Data, Informasi, Gender, dan Kerja Sama.
d. Bidang Perlindungan Perempuan dan Anak, terdiri atas:
1. Kelompok Substansi Perlindungan Perempuan; dan
2. Kelompok Substansi Perlindungan dan Pemenuhan Hak Anak.
e. Bidang Pengendalian Penduduk dan Keluarga Berencana, terdiri atas:
1. Kelompok Substansi Pengendalian Penduduk; dan
2. Kelompok Substansi Keluarga Berencana.
f. Bidang Peningkatan Kualitas Keluarga, terdiri atas:
1. Kelompok Substansi Keluarga Sejahtera; dan
2. Kelompok Substansi Advokasi dan Komunikasi, Informasi, Edukasi.
g. Unit Pelaksana Teknis; dan
h. Jabatan Fungsional.