Dinas Kelautan dan Perikanan Daerah Istimewa Yogyakarta dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2001 tanggal 23 Juli 2001, Jo. Peraturan Daerah Nomor 3 Tahun 2004 tentang Pembentukan dan Organisasi Dinas Daerah di Lingkungan Pemerintah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Dinas Kelautan dan Perikanan berkedudukan di Jalan Sagan III/4, Terban, Gondokusuman, Yogyakarta.
Dinas Kelautan dan Perikanan Daerah Istimewa Yogyakarta mempunyai tugas melaksanakan urusan Pemerintah Daerah di bidang kelautan dan perikanan, kewenangan Dekonsentrasi serta Tugas Pembantuan, yang diberikan oleh Pemerintah Pusat. Untuk melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud, Dinas Kelautan dan Perikanan memiliki fungsi:
Dinas Kelautan dan Perikanan Daerah Istimewa Yogyakarta memiliki 2 kantor Unit Pelaksana Teknis Dinas (UPTD), yaitu:
1. Balai Pengembangan Teknologi Perikanan Budidaya (BPTPB) Cangkringan
2. Pelabuhan Perikanan Pantai (PPP) Sadeng.
UPTD adalah unit organisasi di lingkungan Dinas Kelautan dan Perikanan, yang melaksanakan tugas teknis penunjang dan/atau tugas teknis operasional. UPTD BPTPB berkedudukan di Cangkringan, Sleman. Sedangkan UPTD PPP berkedudukan di Sadeng, Girisubo, Gunungkidul.